【項目文章】珍珠價格要大跌了!

文章發表在Scientific Reports上,利用SLAF-seq技術構建的高密度遺傳圖譜定位珍珠蚌珍珠品質相關性狀QTLs,相信本篇文章能夠給珍珠蚌育種工作帶來進步,以后珍珠品質和產量勢必會得到提高,喜愛珍珠或者珍珠面膜的女士們可以花費得更少,買買買!!!
好了,回到文章本身,先看看文章的材料情況:
親本:來自鄱陽湖的母本X來自洞庭湖的父本(來自千島湖的蚌蚌們表示不服)
子代:200個F1子代
再看文章的結果:

基本測序結果分析:

在自然狀態下很難保證所有F1群體均是目標親本的子代,所以作者進行了親自鑒定的工作,最終剩下157個正牌的F1子代;
共獲得了139,113,148個reads,其中Q值大于30以上的高質量數據占88.64%,GC含量為37.45%。父母本reads數分別為9,025,115和8,571,660,F1子代平均為773,990。與之對應的高質量SLAF-tag數為239,704個,其中父母本中開發的SLAF-tag數分別為201,805和206,806個,深度為19.25X和20.70X;子代中平均SLAF-tag為123,038個,平均深度為3.11X;
聚類分析后共獲得多態性的SLAF-tag132,542個,其中可成功進行二等位編碼的SLAF-tag108,004個,選擇適合F1群體作圖的多態性標記后,利用測序深度和完整度過濾,最終剩余4,508個多態性SLAF標記用于遺傳圖譜的構建;

遺傳圖譜構建:

結合506個SSR標記和4,508個SLAF標記,進行遺傳圖譜的構建,成功構建了珍珠蚌19條連鎖群,共含有標記4,920個,中性圖總圖距為2,713cM,平均圖距為1.81cM。雄性圖包括3,233個標記,總圖距2,561cM,雌性圖包含標記3,123個,總圖距2,810cM;

 

圖1 珍珠蚌高密度遺傳圖譜

遺傳圖譜比較統計分析:

作者之前利用SSR標記做的遺傳圖譜和利用SLAF-seq構建的遺傳圖譜進行了比較。兩張遺傳圖譜均構建了珍珠蚌19條連鎖群,但是標記數,圖距,分辨率均不同。SSR標記包含了506個標記,總圖距1,922.3cM,平均圖距3,99cM,大的Gap數較多,而基于SLAF-seq的圖譜在以上指標上均顯著優于SSR標記圖譜。

QTL定位分析:

共定位到了26個和珍珠品質相關的QTL,分別位于第1,4,8,14,15和17號連鎖群上,PVE范圍為8.45%-22.8%。在1號連鎖群上定位到3個殼寬QTLs,在第1和第15號連鎖群上分分別定位到1個控制殼重的QTL。第8號染色體上定位到體重相關的7個QTL,另外,作者也定位到了大量其他性狀的QTL。同時對第17號染色體上的4個和貝殼珍珠層顏色相關的QTL進行簡單的統計驗證。

 

 

文章亮點總結:

1.材料:珍珠蚌需要生長到一定年限才能有珍珠產生,本文材料非常難得,是能獲得較好結果的基礎;2.有SSR遺傳圖譜的構建,并與SLAF標記進行了整合,圖譜密度高;
3.利用遺傳圖譜定位到了大量和珍珠質量相關的QTL,相關標記可以進一步開發用于分子標記輔助育種,具有重要的經濟價值;
4.部分QTL區域的標記進行簡單的統計學驗證,使QTL定位結果的可靠性增加。
本期文獻解讀就到這里,提前透露下,圖譜君最近正在運作另外一篇水產物種的圖譜構建,QTL并且利用一種高(漲)逼(姿)格(勢)的方法進行QTL驗證的文章,敬請期待~~~

參考文獻:
Bai Z Y, Han X K, Liu X J, et al. Construction of a high-density genetic map and QTL mapping for pearl quality-related traits in Hyriopsis cumingii[J]. Scientific Reports, 2016, 6.

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