Hi-C近100%的建庫成功率是怎么煉成的?

Hi-C是將高通量測序(High-throughput sequencing)技術與染色體構象捕獲技術(Chromosome conformation capture,簡稱為3C)相結合而衍生的一種新技術。Hi-C染色體構建是利用Hi-C技術將零散的基因組序列片段組裝到染色體水平,并進一步明確這些序列在染色體上的順序及方向。
近年來,已發表的人、山羊、蚊子、酵母、大麥、二粒小麥等基因組均采用Hi-C技術進行輔助組裝,獲得染色體水平的基因組,證明了Hi-C輔助基因組組裝技術在動植物、真菌染色體水平基因組組裝的高可靠性。
同時利用Hi-C技術可以揭示基因組的一般三維結構特征,包括從隔室(A/B Compartments)到拓撲相關結構域(TAD),最后到環(loop)的染色質的這種層級結構,對于研究全基因組范圍內DNA在空間上的互作關系,構建高分辨率的染色體三維結構,開發基因的遠程調控元件,構建染色體跨度單體型等具有重要的作用。目前,已在人、果蠅、酵母、擬南芥、水稻和棉花等物種成功構建了基因組三維結構,并完成了對不同樣本基因組三維結構的比較分析。

1.Hi-C染色體構建的優勢

1)單個體即可完成,無需構建群體;
2)定位效率更高;
3)可以對已組裝的基因組進行糾錯。

2.Hi-C三維構象研究內容

1)繪制全基因組的Hi-C map,包括Cis/Trans分析;
2)Compartment A/B 鑒定與分析,包括與Chip-seq和RNAseq聯合分析;
3)基因/重復序列互作分析,包括與RNAseq聯合分析;
4)TAD鑒定與分析,包括Chip-seq和RNAseq聯合分析;
5)繪制全基因組LOOP模型圖,需DNase–seq,并與Chip-seq和RNAseq聯合分析。
6)多樣本三維結構差異分析:Compartment A/B、TAD、Loop差異分析。

3.百邁客Hi-C文庫制備心得

Hi-C文庫的成功制備有利于染色體構建或染色體互作分析的順利實施。百邁客在文庫制備方面細心鉆研,最終實現近100%的Hi-C高質量文庫的建庫成功率。
截止2017年底,百邁客Hi-C實驗平臺已積累了大量植物、動物(哺乳動物、昆蟲、水生動物等)、微生物等的項目經驗,現跟大家分享如下百邁客技術團隊在Hi-C文庫制備上的心得 —— 不足之處多多指教!!!

3.1 嚴把樣品關
1)對常規樣品的嚴格控制;
樣本質量對文庫制備及數據分析的結果是至關重要的,我們對樣本的基本要求:在滿足正常取樣的前提下植物樣品寄送活體,動物樣品最佳為新鮮血液。此外,我們會對所有實驗樣品進行二次篩選,在樣品選擇上不應付、不馬虎,以達到優中選優的高標準。
2)對疑難樣品的不離不棄;
某些特殊樣本可能很難達到我們的取樣要求,比如:部分植物樣品不易取樣、樣品量難以達到要求、樣品生長較老等等;部分動物樣品瀕危難取、難以獲得活體樣品、樣品個體太小等等。
但我們不會對這樣的樣品直接拒之門外,我們會針對樣品的具體情況制定“定制化”的文庫制備方案,從多角度,采用多種方法來解決此疑難項目。
3)對超難樣品的刻苦鉆研;
經驗是逐步積累起來的,技術是慢慢摸索的,我們在遇到一些非常特殊的樣品時不會因為沒有嘗試就輕言放棄。反之,我們會與老師溝通交流,了解樣品相關背景,并在現有方案的基礎上,結合文獻及研發經驗從多維度進行嘗試,最終研發出一套針對“此種項目此種樣品”的特異性方案。

3.2 技術路線多元化
不同物種、不同樣品采用多種技術路線,以近似“定制化”的服務構建高質量的文庫;

4.百邁客Hi-C建庫成果分享

I. 植物(被子植物、裸子植物、苔蘚植物等)
百邁客 Hi-C平臺在植物領域擁有非常豐富的項目經驗,植物一次建庫成功率在97%以上,可為您提供不同物種、不同樣品狀態(低齡幼苗、組培苗、成熟植株幼葉、成熟植株老葉片)的建庫服務。很多物種所對應文庫的Valid Interaction Pairs(%)值在80%以上,最高達92.61%,甚至一些多糖多酚物種(如藥用植物等)文庫的Valid Interaction Pairs(%)值也已經達到在75%及以上水平。
同時,基于豐富的項目經驗,平臺已幫助客戶解決了不少疑難項目,其文庫Valid Interaction Pairs(%)值也維持在較高水平。

II. 動物(哺乳動物、昆蟲、水生動物等)
目前,百邁客 Hi-C平臺在動物領域已實現多個技術突破,可為您提供不同物種、不同樣品狀態(凍存、活體)的建庫服務。動物樣品文庫的Valid Interaction Pairs(%)平均值在60%,最高達86.68%。

III. 微生物(真菌)
百邁客 Hi-C平臺在微生物領域也已實現多個技術突破,可為您提供不同物種的建庫服務。如真菌樣品文庫的Valid Interaction Pairs(%)平均值在72%,最高達84.6%。

2018,百邁客 Hi-C服務平臺

繼續與您攜手共進,

為您的科學研究錦上添花,

助您再創佳績!!!

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