教你如何簡便進行轉錄因子(TF)預測

高通量測序火了不止一年兩年,很多時候我們都是先找到自己心儀的相關基因,然后進行下游靶基因的驗證。其實,我們還可以往上游做,以豐富機制研究的深度。也就是查找基因的啟動子以及轉錄因子預測。那今天我們就來嘮嘮轉錄因子預測分析吧~

轉錄因子也稱反式作用因子,在動植物的生長發育及其對外界環境的反應中起著重要的調控作用,已成為現在生物學研究領域的熱點,其功能分析是重要的研究內容之一。因此我們可以通過轉錄因子注釋,或者可通過表達量聚類分析,篩選出關注生物學問題過程中起主要調控作用的一些轉錄因子。并且可以結合WGCNA鑒定的基因模塊,篩選關鍵轉錄因子在基因模塊中是否為hub?gene,并通過預測轉錄因子的靶基因(MEME),篩選出基因模塊中的靶基因,建立以轉錄因子為hub?gene的調控網絡。

轉錄因子相關的文章有很多,例如2015年發表在Proc?Natl?Acad?Sci的一篇文章,作者通過玉米種子吸水膨脹不同階段的轉錄組數據,鑒定玉米子葉發育各階段相關轉錄因子(TF)其靶向位點(TFBS)。我公司成功案例也有類似的文章,比如2016年發表在Plant?Cell?Physiol上的一篇文章,介紹的是異源表達DREB轉錄因子(AtDREB1A)提高轉基因丹參抗旱性的調控機制。

那這個時候問題就來了,如何簡單快捷的進行轉錄因子的注釋研究呢?同志們,福利來了~百邁客云(BMKCloud)免費為您提供轉錄因子注釋工具,助力各位科研君進行深度的數據挖掘!

情景一:如您在我們公司有做項目,那當結題報告和分析結果將會在百邁客云(BMKCloud)上進行展示,您可在測序項目中直接進行轉錄因子。

操作步驟:登錄百邁客云首頁(www.biocloud.net)——我的項目——報告——基因結構挖掘——轉錄因子預測,選擇對應數據庫(植物or動物),點擊提交即可。Yes,就是這么easy!

 

情形二:利用免費小工具進行分析。操作步驟:登錄百邁客云首頁(www.biocloud.net)——分析——工具

在對話框中輸入“轉錄因子注釋”,Enter鍵進入轉錄因子注釋工具界面

這種方法操作也非常之簡便,只要按照要求格式提交基因序列文件然后選擇物種即可:
1、 Genes:基因序列文件,支持氨基酸序列或者核酸序列,必須以fa或者fasta做后綴,示例如下:

2、 DEG file:輸入基因出自的項目的差異表達文件,該文件第一列為Gene ID,最后一列為基因上下調信息,這兩列必須存在,沒有可以不用選擇
3、 Organism:可以只選擇研究的物種,分析速度快;也可以選擇All,基于所有物種的轉錄因子進行比對,結果信息會更全,但是分析速度會變慢。
4、 E-value 進行blast比對設置的期望值,該值越小表示比對特異性越強,核酸一般設置為1e-10,氨基酸一般設置為1e-5

最后篩選出來感興趣的轉錄因子,大家可能希望再找到它對應的靶基因。如何預測轉錄因子靶基因也有很多方法,包括根據轉錄因子保守性或者是公共數據庫進行預測,這部分內容后續我們再具體介紹吧~

參考文獻:
1.Wei T, Deng K, Liu D, et al. Ectopic Expression of DREB Transcription Factor, AtDREB1A, Confers Tolerance to Drought in Transgenic Salvia miltiorrhiza[J]. Plant & Cell Physiology, 2016, 57(8):1593.
2.Yu C P, Chen S C, Chang Y M, et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 112(19):E2477.

轉錄調控事業部 李 娜 | 文案
吳戈宇 | 審核
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