你造嗎?BLAST比對原來還可以這樣!

在生物學的研究中,有一個常用的方法,就是通過比較分析獲取有用的信息和知識。我們現在最常見的比對是蛋白質序列之間或核酸序列之間的兩兩比對,通過比較兩個序列之間的相似區域和保守性位點,尋找二者可能的分子進化關系。我們在進行功能注釋的時候也是基于序列相似 ? ? 功能相似這樣的一個原理來進行的。

目前BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是現在應用最廣泛的序列相似性搜索工具,它運用某種特定的數學模型或算法,找出兩個或者是多個序列之間的最大匹配堿基或氨基酸殘基數,比對的結果反映了算法在多大程度上提供序列之間的相似性關系及它們的生物學特征。BLAST因其快速及比對精度高而被廣泛應用于雙序列或多序列比對。

大家非常熟悉的是NCBI上面的BLAST比對,還記得小編讀研期間在師兄的諄諄教誨下學到的第一個技能就是BLAST比對,可見它的重要性及廣譜性!因為大家對NCBI上的BLAST非常熟悉,這里我就不做過多的介紹了。今天跟大家分享的是一款可視化的比對工具:百邁客云(BMKCloud)—BLAST。

序列比對與NCBI采用的都是第三方BLAST,其數學模型或算法都是一樣的。可能大家要問了,既然都一樣,那我為什么要選擇BMKCloud呢?在這里我要隆重介紹介紹,BMKCloud優勢如下:

1、更靈活:可以拿任何fasta文件當做比對的數據庫,而NCBI是不支持自定義比對數據庫的,只能用內置的數據庫做比對;

2、無限制:我們可以比對很多的序列,而NCBI上是有限制的,超過上限將不能運行比對任務。

很多時候我們拿到轉錄組的測序數據,需要在海量的數據里找到自己關注的基因。我們可以通過關鍵詞進行功能注釋的搜索,還有常見的方法是我們關注的 基因,可能在別的物種或者是近緣物種已有報導。針對這種情況我們就可以通過已知的基因序列運用BLAST比對在我們的測序數據里找同源序列。

那這個時候你需要的是什么?

大聲告訴我~~

對,就是百邁客云(BMKCloud)小工具—BLAST!

依然是非常簡單的操作步驟:

1.登錄百邁客云首頁(www.biocloud.net)——分析——工具

2.在對話框中輸入“BLAST”,Enter鍵進入工具使用界面

3. 這里有幾個輸入框或勾選框,主要包括:

1、 項目名稱
2、database :用于建庫的核苷酸或氨基酸序列文件,默認使用NR庫(FASTA格式)。
3、 infile :用于比對的序列文件,可以為核酸序列或者氨基酸序列。
4、 expect :非負數,默認的e值為10,E值越小,說明比對結果越可信。一般做基因的注釋,與已知數據進行同源性搜索,通常設定為1e-5或 更小的值。
5、 qcov :0-100,默認為80,查詢序列與目標序列的覆蓋率。

其中兩個必填輸入框

項目名稱:即根據自己需求對本次BLAST進行命名描述,以便于后期查看結果與
infile :在輸入比對的序列文件時,有三種方式,包括選擇云文件、瀏覽本地文件或拖拽文件

另外,之前提到BMKCloud很重要的一個優勢在于可以拿任何fasta文件當做比對的數據庫,因此在“database”這一輸入框中大家就可以選擇自己的轉錄組數據作為比對的參考數據庫。

4.完成項目名稱和fasta文件輸入之后,點擊提交即可運行比對任務。

BMKCloud還有很多既操作簡單又實用的小工具,如果你正對著一組數據苦惱的話,那就來BMKCloud了解一下吧,可能會有很多驚喜發現啊!

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