方法教學 | 微生物次級代謝產物基因簇預測

微生物產生的次級代謝產物具有多種多樣的化學結構和生物活性,有很高的藥用以及商業價值,闡明微生物次級代謝產物的生物合成途徑是研究其功能作用的必要前提,隨著基因組測序研究的深入,可以對次級代謝產物研究更加詳細,關于微生物次級代謝分析有很多分析工具,anti-SMASH是分析結果比較全面的。

那么怎么對微生物基因組次級代謝產物預測呢,以真菌為例講解:

1.次級代謝產物預測網址:https://fungismash.secondarymetabolites.org ,點擊進入界面,可進行細菌、真菌以及植物次級代謝產物預測;

 

2.點擊真菌基因組,填寫郵箱(用于接收預測結果)以及真菌基因組組裝結果文件(fasta格式)和基因組預測結果文件(gff3格式);

 

3.其他參數默認,點擊“submit”申請次級代謝產物預測結果,大約12h內,系統運行結束后,預留郵件會收到預測結果;

 

4.進入預留郵箱查看預測結果,打開預測結果網址即可查看結果,包含基因簇序列編號,次級代謝產物類型,基因簇所在位置,與已知次級代謝基因簇的結果比對等;

 

5.點擊所關注的基因簇,可獲該基因簇的詳細信息,包括基因簇基因組成,核心基因的功能域組成以及與已知基因簇間共線性展示結果等;

 

6.點擊下載頁面,進行對應結果數據下載;

 

以上是次級代謝產物預測過程,除此外還有兩點注意事項;

1、數據可只導入基因組組裝結果,那么該網站會進行基因預測,但預測的結果與自己預測結果可能會有差異;

2、數據需在一個月內進行下載,過期之后數據會自動被刪除。

 

好了,次級代謝產物基因簇預測就是這樣簡單

你學會了嗎?

小伙伴們,下周不見不散!

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