領跑開學季-Nanopore全長轉錄組

應用案例

案例一

Complete genomic and transcriptional landscape analysis using third-generation sequencing: a case study of Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D. (Nucleic Acids Research, 2018.01, IF=11.561)

1、對釀酒酵母進行全長轉錄組測序;

2、葡萄糖生長條件下的酵母共計獲得~509 MB(59X)數據量,包含約530,000高質量reads,其中N50為1150bp;酒精條件下的酵母共計獲得~623 MB(72X)數據,約623000 高質量reads,其中N50為1263 bp;

3、該技術的比對率為88%,錯誤率為12%,其中超過70%的轉錄本為全長轉錄本,鑒定長度最長轉錄本超過5kb,并對轉錄本進行定量分析。

 

案例二:

Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of individual B cells. (Nature Communications, 2017, IF=12.353)

1、鑒定到4234 TSSs 和3883 TESs,其中Genecode數據庫已知2476 TSSs 和2448 TESs ;

2、并發現 296 內含子保留, 134 個5’剪切 和173 個3’剪切;

3、結果表明,通過Nanopore測序不僅可以識別復雜的isoforms,而且還能定量其表達水平。

 

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