【circos教程】之染色體設置

先前已經大致介紹了circos軟件的安裝、配置文件、如何畫圖等。下面小編將詳細介紹一下染色體的設置問題。

Circos圖可以展示數據在染色體上的分布情況,首先我們需要一個染色體的信息文件,畫出染色體的圈,該信息由circos.conf的karyotype參數進行設置,如下圖:

該文件以\t分隔,共有七列信息,下面是該文件的具體信息 :

小編給大家溫習一下該文件各列的具體含義:第一二列一般都設置成chr和-;第三列染色體的編號,要求每條染色體的名字必須唯一;第四列染色體標簽,即在圖中展示的名字;第五列和第六列分別是染色體的起始和終止位置;第六列是每條染色體的顏色,軟件安裝目錄里的colors.ucsc.conf已經使用RGB代碼定義了這些標簽的顏色。當然,大家可以根據自己的需要在colors.brewer.conf文件中設置染色體的顏色(上圖hs19~hsY的顏色就是小編根據自己的需要設置的染色體顏色),circos教程具體設置方法如下:

染色體刻度單位

參數chromosome_units定義一個染色體刻度(u)的大小,參數chromosomes_units=1000000的意思是1u=1000000,那10u就是10*1000000。

展示部分染色體

Circos軟件默認畫出所有染色體的信息,如果我們想只展示其中的某些染色體,可以在circos.conf的添加下圖中的兩個參數:

chromosomes_display_default = no,意思就是關閉默認顯示。只需用“chromosomes =”指定需要顯示的染色體。hs1,hs2,hs3等都是染色體組型文件當中的第三列信息。畫出的圖如下:

circos教程之更改染色體排列位置

如果想自定義染色體排列順序,可以使用chromosomes_order參數來設定,假設在上圖的基礎上,想將hs11,hs12,hs13染色畫在前面,可以設置chromosomes_order=hs11;hs12;hs13;hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8;hs9;hs10;hs14;hs15;hs16;hs17;畫出的圖如下:

circos教程之更改染色體間的間隔

上面我們出的圖染色體之間間隔較近,我們可以使用<spacing>…</spacing>設置染色體間隔,使染色體之間的間隔變大。

將原參數default=0.003r改為0.003r,生成的圖如下:

如果我們只想設置某兩條染色體之間的間隔大,可以通過<pairwise>…….</pairwise>參數設置,染色體之間以分號分隔,spacing參數設置兩條染色體之間的間隔。

染色體條帶填充

如果不想填充條帶,只想以染色體對應的顏色填充染色體的,可以通過設置show_bands= no參數實現。

如果既想填充顏色,又想填充條帶參數設置如下:

 

 

 

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