全轉錄組前沿分析亮點

新技術/新思路

Nanopore DNA測序

當前全基因組范圍的5mC研究技術主要是WGBS、RRBS、芯片、DNA甲基化免疫共沉淀MeDip技術,當前全基因組范圍的6mA的主要研究技術是PacBio SMRT、MeDip-seq、miClip技術。而Nanopore三代單分子納米孔測序可以同時檢測全基因組范圍單堿基的5mC和6mA修飾位點,并給出單堿基的甲基化水平!

這套甲基化數據不僅能研究DNA甲基化還能研究結構變異!!它不僅克服了二代技術的短片段僅能測到部分斷點的技術壁壘,還化解了重復序列變異難以研究的尷尬!

Hi-C & ATAC-seq?

Hi-C是染色質構象捕獲技術結合高通量測序衍生的一種技術,實現了全基因組范圍內的染色體片段間的相互作用的捕獲,可以揭示染色體片段間的交互作用,闡述染色體三維結構。

ATAC-seq作為在全基因組上處于開放狀態的染色質區域的技術,可以進一步定位核小體及相關調控元件,獲得與特定蛋白(如轉錄因子、CTCF)結合的位點,而TAD邊界、loop上常常會募集轉錄因子、結構蛋白,Hi-C與ATAC-seq兩種技術聯合,可以從表觀遺傳網絡來闡述疾病發生發展的相關機制。

全轉錄組新內容

全轉錄組是指細胞所能轉錄出來的所有類型RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。而我們常說的全轉錄組測序則通常是包含lncRNA、circRNA、miRNA以及mRNA的測序。大家一般都先篩篩每種RNA的差異,對于基因能直接做個功能富集分析看看差異基因的功能,對于非編碼RNA呢就是找到對應的靶基因或來源基因然后研究這些非編碼RNA的功能。每種RNA單獨分析后,把所有RNA整合在一起進行個聯合分析,把各種RNA的結果整合在一起,做個ceRNA,共表達分析之類。

所謂的高級分析,所謂的定制化內容,百邁客都想當成常規分析內容,一次性解決您所有可能的問題!同時在微信公眾號中細述分析原理以及能解決的生物學問題,讓您知其然,知其所以然!

GSEA

無需做差異分析,直接拿所有基因的表達量即可找到實驗組和對照組有一致性差異的感興趣的通路。

WGCNA

通過樣品的基因表達水平,鑒定表達模式相似的基因集合(即模塊,module),解析模塊與樣品表型之間的聯系,繪制模塊中基因之間的調控網絡并鑒定關鍵調控基因。

ceRNA分析

競爭性內源RNA(ceRNA)是近幾年來的研究熱點,是一種全新的轉錄調控模式。這些ceRNA能夠通過miRNA應答元件(microRNA Response Element, MRE)競爭性地結合相同的miRNA來調節彼此的表達水平。ceRNA假說揭示了一種RNA間相互作用的新機制。ceRNA可以通過競爭性的結合miRNA來調控彼此的表達,如:miRNA可以導致基因沉默,而lncRNA競爭性結合了miRNA,從而影響了miRNA導致基因沉默這一功能。這里,mRNA、lncRNA、circRNA等均可作為ceRNA。不做ceRNA的全轉錄組那算不得全轉錄組!

整合通路分析

分析時發現差異表達基因或者感興趣的基因富集的通路太多,看通路圖可以獲取每個通路中基因的調控關系,然而這一個基因在多個通路中的調控關系看起來太麻煩了!而整合的通路網絡分析,可以讓您一目了然觀看您感興趣的基因在您感興趣通路中的調控機制。

KEGG整合通路網絡圖

一份報告

一份報告,所有內容,全方位解讀,清晰明了!

TF結合位點

根據轉錄因子(TF)的motif尋找靶向基因啟動子區的結合位點(TFBS)。

TFBS序列特征圖

TF活性與共調控網絡

根據轉錄因子和基因的表達模式,推測基因和轉錄因子間的靶向關系,以及轉錄因子在不同樣品中的活性。

轉錄因子在不同樣品中的轉錄活性

轉錄因子共調控網絡圖

差異可變剪切

通過rMATS統計模型對不同樣本(不同差異分組內)進行可變剪切事件的表達定量。

差異可變剪接類型

如果您對上述新老研究內容感興趣,或者對于全轉錄組內容有自己的看法或者疑惑都可以點擊下方按鈕咨詢我們,我們將給您詳細的解答。

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