轉錄因子有哪些?轉錄因子結合位點預測

什么是轉錄因子?

如何尋找轉錄因子?

轉錄因子的功能是什么?

如何確定轉錄因子的結合位點?

提起轉錄因子,該有一堆問題冒出來。

定義與功能

 

轉錄因子(Transcription Factors,TFs),是指能夠以特定序列與基因專一性結合,從而保證目的基因以特定的強度在特定的時間與空間表達的蛋白質分子。轉錄因子通過識別特定的DNA序列來控制染色質和轉錄,以形成指導基因組表達的復雜系統。許多轉錄因子充當著主調節因子和選擇基因的角色,控制著細胞類型的決定、發育模式和特定途徑控制(如免疫反應)的過程。

Lambert S A, Jolma A, Campitelli L F, et al. The Human Transcription Factors[J]. Cell, 2018, 172(4):650-665

轉錄因子數據庫

 

TF這么重要,那我們怎么尋找轉錄因子呢?在這里,小編就得提到兩個非常重要的研究轉錄因子的常用數據庫:

AnimalTFDB(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/)

PlantTFDB(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/)

顯而易見,這兩個數據庫分別收錄了動物和植物的TF,包含轉錄因子注釋和預測等。這里小編著重說一下AnimalTFDB。AnimalTFDB 3.0數據庫去年9月份更新,是華中科技大學郭安源教授團隊建立并維護的。

數據庫收錄的信息非常全,涵蓋了97個物種、12萬的轉錄因子、8萬的轉錄輔因子(Cofactor)以及這些轉錄(輔)因子的家族、表達、通路、表型、蛋白互作等等信息。我們可以根據物種信息搜索和下載相應的TFs,也可以直接看每個轉錄因子的基本信息,如功能結構域、互作網絡及表達等。

新版本除了在數據上的擴展外,還提供多種搜索瀏覽方式(Famliy、Species或自定義搜索)、2個在線預測工具Predict TF和Predict TFBS(分別可以批量預測轉錄因子和預測DNA序列上的轉錄因子結合位點)。

告訴你哦,我們百邁客云(BMKCloud)為您提供轉錄因子注釋工具了。登錄百邁客云首頁(www.biocloud.net)——我的項目——報告——基因結構挖掘——轉錄因子預測,選擇對應數據庫(植物or動物),點擊提交即可。Yes,就是這么easy!

 

轉錄因子結合位點

 

上面提到了轉錄因子結合位點,那是什么呢?轉錄因子的結合位點(transcription factor binding site,TFBS)是轉錄因子調節基因表達時,與基因模板鏈結合的區域,即與轉錄因子結合的DNA片段,長度通常在5~20 bp范圍內。一個轉錄因子往往同時調控若干個基因,而它在不同基因上的結合位點具有一定的保守性,又不完全相同。

轉錄因子與特異性DNA結合通常概括為“基序”(motif) ,是指給定TF優先的相關短序列組的模型,其可用于掃描較長序列(例如,啟動子)以鑒定潛在的結合位點。確定DNA結合的motif通常是詳細闡釋轉錄因子功能的第一步,鑒定潛在的結合位點為進一步分析提供了途徑。關鍵點來了,小編又給大家安利了。JASPAR是收集有關轉錄因子與DNA結合位點模體的最全面的公開的數據庫,該數據庫眾所包含的數據都經過嚴格的篩選,有確切的實驗依據。

那怎么用呢?最左邊一列是工具欄;中間顯示的圖片是數據庫中收錄的六大類生物,可點擊查看每個大類中收集的數據總量;最右側是用戶使用導航,第一次使用的用戶可以點擊按提示操作。

簡單示范一下如何預測TFBS:

(1)選擇物種:小編這里選擇vertebrata——Homo sapiens

(2)在Scan序列輸入框里輸入我們想要查找的啟動子區域序列或增強子區域序列或其它關注的區域,注意需要輸入FASTA格式。在左側列表中勾選待預測結合的轉錄因子,或者你感興趣的轉錄因子都勾選上。

(注:可以設置scan的參數:Relative profile score threshold,該值越大,表示該轉錄因子與輸入序列結合的可能性越大)。

(3)點擊SCAN即出現結果展示,點擊csv保存結果。

好了,一個簡單操作到這里就愉快地介紹完了。現在小編要放大招了!我們的全轉錄組測序和轉錄組測序分析優化了,這些內容通通可以做!>>點擊這里查看《全轉錄組分析亮點》,還有轉錄因子活性分析,circRNA的新分析內容哦!

 

如果您的項目有任何問題,歡迎點擊下方按鈕聯系我們!

 

 

 

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